首先是對MES系統認識不足，對MES系統認識不足主要反映在搞不清楚MES能為企業帶來什么好處，對企業管理有什么好的改善。
MES是一種管理的手段和方法，但并不能代替管理本身。對于生產流程、物料追蹤的粒度（如單件管理還是批次管理等）、質量管理流程的管控等生產管理制度，MES很多情況下是對企業的一種適應。
圖一：智能MES車間管理系統
但MES畢竟不同于以往的傳統管理方式，為了讓MES順利實施，也為了更好地發揮MES的強大作用，需要企業仔細了解MES的具體功能。
其次就是對需求難以準確把握度不夠，這一點其實是和第一點相關聯。在搞不清楚MES不能做什么的情況下，企業往往傾向于認為MES能解決所有的問題，因此需求不能很好的把控，在“無限”增長的需求下，MES是一定無法順利完成的。MES多工廠模型探討（下）
項目簽訂合同前，企業需要提前內部定義一輪需求，并且根據預算和緊急程度，進行第一輪的篩選。實施開始階段，要求實施團隊保證充分的調研，并且形成詳細的調研文檔，企業相關部門人員仔細論證之后確認簽字。
最后就是企業MES人才匱乏，盡管MES已經有幾十年的歷史，但國內的推廣卻相當慢，特別是在離散制造行業，不夸張地說，接觸MES也是最近幾年的事情，更別提MES人才隊伍。
圖二：MES軟件應用功能展示
而MES的特點使得這樣的人才不能簡單地等同于IT人才。不同于以財務為主線的ERP系統，MES覆蓋面及其廣泛，包括生產計劃、物料追溯與追蹤、質量管理、設備管理等生產運營管理的方方面面，因此天然要求MES人才需要有綜合素質。
因此企業在實施MES時，公司需要組建合理的團隊，需要搭配IT人員的同時，也要配備生產部門、設備部門等其他業務部門的人員。至于由哪個部門牽頭則是“因企而異”，重要的是牽頭負責人，最好有IT和生產業務的綜合背景。
同時，企業在實施MES過程中，建議做好相應的人才隊伍培養工作，以便系統在使用過程中出現問題時，可以內部快速解決簡易問題，對于系統問題，企業也可以快速定義并鎖定問題，提高異常響應效率。
